Yra du pagrindiniai peptidų bibliotekos sintezės metodai: monomero metodas ir submonomero metodas.
Monomerų metodas
Monomerų metodas yra tradicinis peptidų bibliotekos sintezės metodas. Taikant šį metodą, pirmiausia reikia susintetinti visus apsaugotus monomerus, o kiekvieno apsaugoto monomero sintezės procesas yra sudėtingas ir užima daug laiko.
Antrinio monomero metodas
Antriniam monomero metodui nereikia monomerų su apsaugotomis alfa amino grupėmis. Šis metodas susideda iš dviejų etapų: nukleofilinio pakeitimo, po kurio seka acilinimas. Submonomero metodas leidžia naudoti bet kurį komerciškai arba sintetiškai prieinamą aminą, turintį didelį kombinatorinės chemijos potencialą.